NGUYỄN NGỌC MINH SƠN
Trong quá trình hoạt động kinh doanh, không ít trường hợp doanh nghiệp lúng túng hoặc vi phạm quy định khi xác định mức thuế suất thu nhập doanh nghiệp ưu đãi, dẫn đến rủi ro bị truy thu và xử phạt. Với sự ra đời của Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp 2025, chính sách thuế đã có sự phân hóa rõ rệt, mang lại cơ hội nhưng cũng đi kèm những quy định kiểm soát chặt chẽ.
Bài viết dưới đây sẽ phân tích chi tiết quy định pháp luật mới nhất và các tình huống thực tế nhằm giúp bạn đọc nhận diện và có thể phòng tránh các rủi ro pháp lý liên quan:
1. Về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy mô doanh nghiệp
Theo quy định tại khoản 1 Điều 10 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 (Luật Thuế TNDN), mức thuế suất chung được ấn định là 20%. Tuy nhiên, luật cũng dành sự ưu đãi đặc biệt để hỗ trợ cho nhóm doanh nghiệp nhỏ và vừa thông qua việc quy định các mức thuế suất thấp hơn so với các loại hình doanh nghiệp theo quy mô khác, cụ thể:
- Thuế suất 15% áp dụng đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 03 tỷ đồng (Khoản 2 Điều 10 ).
- Thuế suất 17% áp dụng đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm từ trên 03 tỷ đồng đến không quá 50 tỷ đồng (Khoản 3 Điều 10).
Để được hưởng các mức thuế suất ưu đãi này, pháp luật cũng thiết lập các điều kiện đi kèm. Tại khoản 2 Điều 18 Luật Thuế TNDN quy định doanh nghiệp bắt buộc phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được ưu đãi thuế. Việc hạch toán riêng là cơ sở để xác định chính xác phần thu nhập đủ điều kiện áp dụng mức thuế suất ưu đãi.
Ngoài ra, khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN quy định rõ các khoản thu nhập không thuộc diện được hưởng mức thuế suất 15% hoặc 17%, bao gồm thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng bất động sản và các khoản thu nhập tương tự. Chính sách ưu đãi chỉ áp dụng đối với thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh thông thường.
Đặc biệt, khoản 4 Điều 18 Luật Thuế TNDN thiết lập một nguyên tắc loại trừ quan trọng: Mức thuế suất 15% và 17% sẽ không được áp dụng đối với doanh nghiệp là công ty con hoặc công ty có quan hệ liên kết, nếu doanh nghiệp trong quan hệ liên kết đó không đáp ứng được điều kiện về mức tổng doanh thu quy định tại khoản 2 và khoản 3 Điều 10 Luật Thuế TNDN.
Sự ra đời của Luật Thuế TNDN cho thấy nỗ lực của Nhà nước trong việc hỗ trợ các doanh nghiệp quy mô nhỏ, giúp họ giảm bớt áp lực tài chính. Dù vậy, các ưu đãi này cần xem xét áp dụng một cách thận trọng vì không mang tính chất cào bằng. Điển hình, quy định tại khoản 4 Điều 18 Luật Thuế TNDN đóng vai trò như một bộ lọc để hạn chế các hành vi chuyển giá hoặc cố tình chia nhỏ quy mô doanh nghiệp nhằm trục lợi chính sách thuế. Doanh nghiệp cần xem xét kỹ lưỡng cơ cấu sở hữu và mạng lưới công ty liên kết của mình trước khi quyết định kê khai áp dụng thuế suất ưu đãi, bởi việc áp dụng sai có thể dẫn đến các hậu quả pháp lý nghiêm trọng.
2. Về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo ngành, nghề
Theo Luật Thuế TNDN, ngoài ưu đãi theo quy mô doanh thu, doanh nghiệp còn có thể được hưởng ưu đãi thuế TNDN khi đầu tư vào các ngành, nghề ưu tiên theo khoản 2 Điều 12 Luật Thuế TNDN, như lĩnh vực ứng dụng công nghệ cao, nghiên cứu – phát triển, sản xuất sản phẩm công nghệ mới hoặc dự án đầu tư có quy mô lớn…
Đối với dự án đầu tư mới quy mô lớn, điều kiện hưởng ưu đãi được quy định chặt chẽ hơn. Theo điểm g1 khoản 2 Điều 12 Luật Thuế TNDN, dự án muốn được hưởng cơ chế ưu đãi kéo dài phải đáp ứng ngưỡng vốn đầu tư tối thiểu theo luật định (trong đó có trường hợp yêu cầu từ 12.000 tỷ đồng trở lên) và bảo đảm tiến độ giải ngân theo đăng ký.
Như vậy, ưu đãi thuế theo ngành, nghề không chỉ dựa vào danh mục lĩnh vực khuyến khích mà còn gắn với quy mô vốn, tiến độ thực hiện và hiệu quả triển khai thực tế của dự án đầu tư.
Ví dụ: Công ty TNHH A kinh doanh lĩnh vực thương mại với tổng doanh thu trong năm tính thuế là 2,5 tỷ đồng. Dựa trên số liệu này và Khoản 2 Điều 10 Luật Thuế TNDN, bộ phận kế toán của Công ty A dự định tự kê khai mức thuế suất thu nhập doanh nghiệp là 15%.
Tuy nhiên, khi xem xét hồ sơ cơ cấu vốn, Công ty A thực chất là công ty con do Tổng Công ty B sở hữu 100% vốn điều lệ. Trong cùng kỳ tính thuế, Tổng Công ty B ghi nhận mức doanh thu hàng năm lên tới 500 tỷ đồng. Căn cứ theo Khoản 4 Điều 18 Luật Thuế TNDN, do Tổng Công ty B không đáp ứng điều kiện doanh thu dưới 3 tỷ hoặc dưới 50 tỷ đồng, Công ty A sẽ mất quyền áp dụng mức thuế suất ưu đãi 15% và tùy trường hợp phải chịu mức thuế suất chung là 20%. Nếu Công ty A vẫn tự ý kê khai mức 15%, họ có thể đối mặt với rủi ro bị cơ quan có thẩm quyền truy thu số thuế nộp thiếu và xử phạt vi phạm hành chính theo Khoản 5 Điều 18 Luật Thuế TNDN.
3. Rủi ro pháp lý và vấn đề cần lưu ý
- Một là, dễ có sự nhầm lẫn đối tượng và điều kiện ưu đãi. Doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế và tính tiền chậm nộp nếu tự ý áp dụng thuế suất 15% hoặc 17% mà bỏ qua các yếu tố loại trừ (ví dụ: thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, hay vướng mắc về quan hệ công ty liên kết).
- Hai là, doanh nghiệp cần tránh vi phạm nguyên tắc hạch toán độc lập. Nếu không thể hạch toán riêng biệt được doanh thu/chi phí của hoạt động được ưu đãi và không được ưu đãi, doanh nghiệp có thể phải xác định ưu đãi theo tỷ lệ doanh thu/chi phí, hoặc rủi ro mất toàn bộ quyền lợi ưu đãi đối với phần thu nhập đó.
- Ba là, đối với các dự án đầu tư quy mô lớn cần đặc biệt chú ý đến tiến độ giải ngân vốn đăng ký và các chứng nhận công nghệ. Sự chậm trễ có thể làm mất đi các đặc quyền ưu đãi đã được phê duyệt.
Theo đó, CTM Law Firm đưa ra một số lời khuyên pháp lý cho doanh nghiệp như sau:
- Thứ nhất, cá nhân/doanh nghiệp cần chủ động rà soát lại toàn bộ hệ thống sổ sách kế toán, cơ cấu tập đoàn và các hợp đồng liên kết để đánh giá chính xác mức thuế suất được áp dụng, từ đó có thể tối ưu hóa chi phí một cách hợp pháp.
- Thứ hai, doanh nghiệp nên tham vấn luật sư hoặc chuyên gia pháp lý về thuế trong trường hợp doanh nghiệp có mô hình kinh doanh đa ngành nghề, có hoạt động chuyển nhượng vốn hoặc đang trong giai đoạn cấu trúc lại hệ thống công ty mẹ – công ty con.
Luật Thuế TNDN mang lại nhiều tín hiệu tích cực cho cộng đồng doanh nghiệp nhỏ, nhưng đồng thời cũng siết chặt quản lý đối với các mô hình phức tạp. Việc nắm vững các dấu hiệu, điều kiện và giới hạn của pháp luật là cơ sở để bảo vệ quyền lợi hợp pháp, giúp chủ thể kinh doanh tránh được rủi ro pháp lý tiềm ẩn trong quá trình vận hành doanh nghiệp.
